В ноябре 2017 года в региональном правительстве рассматривался доклад о состоянии объектов омского метро, сообщает «СуперОмск». В нем говорится, что на участке перегонных тоннелей «Заречная» — «Кристалл» резко увеличилось количество воды. В пониженной точке тоннелей перегона вода доходила до уровня 4,8 метра, а венткамера на 80% заполнилась водой.
24 ноября на этих объектах был введен режим ЧС: были полностью затоплены системы освещения, водоотведения и электрооборудования. Подтопление могло привести к разрушению тоннелей с возможным возникновением эффекта «домино» по трассе перегонных тоннелей. В худшем случае это привело бы к появлению провала диаметром 50–100 метров на поверхности земли. Это могло обернуться разрушением дорог, жилых домов и привести к человеческим жертвам.
По словам и. о. министра промышленности Игоря Лукьянова, сейчас проблема решена. В конце прошлого года из резервного фонда правительства Омской области было выделено 3 млн рублей на откачку воды из омского метро.